Uprava za prognanike i izbjeglice u Hercegovačko-neretvanskoj županiji organizirana je kao jedinstvena organizacijska cjelina kojom neposredno rukovodi ravnatelj. Poslovno središte ove Uprave nalazi se u Mostaru u ulici Stjepana Radića br.3, tel: 312-183, 321-438, fax: 326-354. Uprava za prognanike i izbjeglice obavlja upravne, stručne i druge poslove utvrđene Zakonom, a koji se odnose na: - vođenje i provedbu županijske politike u pogledu prava i skrbi raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-povratnika, - stalni rad za stvaranje političkih, ekonomskih i društvenih uvjeta koji će postignuti dobrovoljan i siguran povratak prognanika i izbjeglica na području Hercegovačko-neretvanske županije, - izradu nacrta županijskog Zakona o prognanicima i izbjeglicama, te i u drugim zakonskim aktima temeljenim na Ustavima Federacije Bosne i Hercegovine i Hercegovačko-neretvanske županije, - vođenje središnje evidencije; vršenje popisa raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-povratnika na području Hercegovačko-neretvanske županije, - donošenje godišnjeg plana povratka na područje Hercegovačko-neretvanske županije, - rješavanja statusa raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-povratnika u upravnom postupku i određivanje organa koji vode prvostepeni postupak, - planiranje izgradnje objekata i naselja za smještaj raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-prognanika u slučaju izvanrednih situacija, - rukovođenje bazom podataka i koordiniranje radom općinskih informativnih centara, - koordiniranje rada tranzitno-prihvatnih i kolektivnih centara na području Hercegovačko-neretvanske županije, - pripremanje i donošenje bilance potrebnih sredstava za županiju radi stvaranja uvjeta za bržu realizaciju plana povratka raseljenih osoba, - suradnju s federalnim, županijskim i međunarodnim organizacijama u rješavanju problema raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-povratnika, - potporu humanih projekata koji implementiraju nevladine humane organizacije iz svih oblasti na području Hercegovačko-neretvanske županije, - brigu o provođenju Zakona i drugih propisa iz ove oblasti, - obavljanje drugih poslova iz problematike raseljenih osoba, prognanika i izbjeglica-prognanika.