Uprava za prognanike i izbjeglice u Hercegovačko-neretvanskom kantonu organizovana je kao jedinstvena organizacijska cjelina kojom neposredno rukovodi direktor. Poslovni centar ove Uprave nalazi se u Mostaru u ulici Stjepana Radića br.3, tel: 312-183, 321-438, fax: 326-354. Uprava za prognanike i izbjeglice obavlja upravne, stručne i druge poslove utvrđene Zakonom, a koji se odnose na: - vođenje i provođenje kantonalne politike u pogledu prava i zaštite raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-povratnika, - stalni rad za stvaranje političkih, ekonomskih i društvenih uslova koji će postignuti dobrovoljan i siguran povratak prognanika i izbjeglica na području Hercegovačko-neretvanskog kantona, - izradu nacrta kantonalnog Zakona o prognanicima i izbjeglicama, te i u drugim zakonskim aktima zasnovanim na Ustavima Federacije Bosne i Hercegovine i Hercegovačko-neretvanskog kantona, - vođenje centralne evidencije; vršenje popisa raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-povratnika na području Hercegovačko-neretvanskog kantona, - donošenje godišnjeg plana povratka na područje Hercegovačko-neretvanskog kantona, - rješavanja statusa raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-povratnika u upravnom postupku i određivanje organa koji vode prvostepeni postupak, - planiranje izgradnje objekata i naselja za smještaj raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-prognanika u slučaju vanrednih situacija, - rukovođenje bazom podataka i koordiniranje radom općinskih informativnih centara, - koordiniranje rada tranzitno-prihvatnih i kolektivnih centara na području Hercegovačko-neretvanskog kantona, - pripremanje i donošenje bilanse potrebnih sredstava za kanton radi stvaranja uslova za bržu realizaciju plana povratka raseljenih lica, - saradnju sa federalnim, kantonalnim i međunarodnim organizacijama u rješavanju problema raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-povratnika, - podršku humanih projekata koje implementiraju nevladine humane organizacije iz svih oblasti na području Hercegovačko-neretvanskog kantona, - brigu o provođenju Zakona i drugih propisa iz ove oblasti, - obavljanje drugih poslova iz problematike raseljenih lica, prognanika i izbjeglica-prognanika.